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动物科学技术学院前身为畜牧系，1950年4月，由国立西北农业专科学校畜牧科和草原科并入国立兽医学院创建畜牧专业，随后成立畜牧系。经学校批准，先后更名为动物生产工程系（1993年9月）、动物科学技术系 (1999年7月)，2001年3月学校院系调整时成立动物科学技术学院。
动物科学技术学院是我国高等农业院校中办学历史较长，并在国内外畜牧学界有着广泛影响的学院。学院秉承老一辈“勤奋严谨、求实创新”的优良传统，经过70余年的建设与发展，已成为我国畜牧、水产行业高级专门人才培养和科学研究的重要基地。学院设有动物生产系、动物遗传育种与繁殖系、动物营养与饲料科学系、水产养殖系和动物科学省级实验教学示范中心等教学机构，设西北地区肉羊肉牛遗传改良国际科技合作基地、中-美草地畜牧业可持续研究中心、甘肃省草食动物生物技术重点实验室、甘肃省现代养猪工程技术研究中心、甘肃省牛羊基因改良工程实验室、甘肃农业大学永昌肉羊农科教合作人才培养基地研究基地及教育部科技小院等10个国家和省部级、7个校级科研创新和人才培养平台，以及10余家校外教学科研实践基地。
2001年经国家人事部批准设立畜牧学博士后科研流动站。2003年经国务院学位委员会批准获畜牧学一级学科博士学位授予权，设动物遗传育种与繁殖、动物营养与饲料科学、特种经济动物饲养、动物生产学、动物性食品科学与工程5个二级学科（博士点）；其中动物遗传育种与繁殖为农业部重点学科，畜牧学一级学科为甘肃省重点学科。2023年学院获批水产一级学科硕士学位授权点。学院具有农业（畜牧领域、渔业发展）硕士专业学位授予权。现开设动物科学（含畜牧兽医方向及应用型本科方向）、智慧牧业科学与工程、水产养殖学3个本科专业，其中动物科学、水产养殖学招收第二学位本科生，动物科学专业为甘肃省特色专业；学院动物科学专业招收自学考试应用型独立本科段（专升本）学生。
学院具有一支梯队结构合理、学术水平优良、研究方向稳定且特色鲜明的师资队伍。现有教职工66人，其中专任教师60人。专任教师中，教授17人，其中二级教授5人；副教授25人。博士生导师14人，硕士生导师37人；中青年教师已获博士学位49人（占专任教师的81.7%）。
先后有10多位教师荣获国家级、省级荣誉称号。现有教育部高等学校教学指导委员会委员2人，甘肃省特聘科技专家1人，甘肃省领军人才1人，农业部现代农业产业技术体系岗位科学家1人，甘肃省教学名师2人，甘肃省青年教师成材奖获得者3人，甘肃省“555”创新人才2人；甘肃省现代丝路寒旱农业专家团队组长2人，甘肃省飞天学者5人。
学院具有本科教育和研究生教育多层次、多学科的培养体系。70余年来，学院已为社会培养各类专业人才13000余人，其中博士研究生175人，硕士研究生1111人，本科生5931人，专科生1203人，成人及自考本科生4659人，毕业生遍及海内外，涌现出如英国皇家科学院院士等大批专家和企业家。目前学院有各类在读学生1675人，其中，博士、硕士研究生334人，本科生1121人，自考本科生220人。
学院围绕国家和地方经济发展中的重大科技问题开展了广泛的科学研究。70余年来，学院广大教师以严谨的治学态度和勤奋求实的精神，取得了显著的教学、科研成果。近5年，到位科研经费6500余万元，获得省级发上教学科研成果奖励10余项，发表学术论文1000余篇，其中sci论文300余篇，主编、参编出版教材或著作10余部。
学院积极开展国内外学术交流，不断提高办学水平和人才培养质量。学院与美国、新西兰、德国、澳大利亚、加拿大、肯尼亚、乌克兰等10余个国家的大学和科研机构等开展学术交流与合作活动，与国内相关知名大学、研究单位及企业建有广泛的联系。